Два турбореактивных двигателя установлены на пилонах в хвостовой части фюзеляжа, а третий — внутри хвостовой части. Взлетно-посадочные характеристики позволяют эксплуатировать Як-40 с грунтовых взлетно-посадочных полос. Кроме того, большая энерговооруженность машины обеспечивает взлет с высокогорных аэродромов (до 2500 метров над уровнем моря) в условиях высоких температур.

Самолет Як-40 в настоящее время по шуму на местности полностью соответствует требованиям гл. 3 Приложения № 16 к «Конвенции о международной гражданской авиации», том 1.